• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Контакты

Адрес: 123458, Москва, ул. Таллинская, д.34
Телефон: 8(495)916-88-29
Факс: 8(495)916-88-29
Эл. почта: miem@hse.ru

     
Руководство
и.о. директора, научный руководитель Крук Евгений Аврамович
Заместитель директора Абрамешин Андрей Евгеньевич
Заместитель директора Романов Виктор Владимирович
Заместитель директора Костинский Александр Юльевич
Заместитель директора Прохорова Вероника Борисовна
Заместитель директора по учебной работе Тумковский Сергей Ростиславович
Заместитель директора по научной работе Аксенов Сергей Алексеевич
Мероприятия
9 декабря, 16:40
Гость – Сизова Анна 
Образовательные программы
Бакалаврская программа

Инфокоммуникационные технологии и системы связи

4 года
Очная форма обучения
60/10/3
60 бюджетных мест
10 платных мест
3 платных места для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Бакалаврская программа

Информатика и вычислительная техника

4 года
Очная форма обучения
126/40/15
126 бюджетных мест
40 платных мест
15 платных мест для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Бакалаврская программа

Информационная безопасность

4 года
Очная форма обучения
45/20/10
45 бюджетных мест
20 платных мест
10 платных мест для иностранцев
RUS
Обучение ведётся на русском языке
Программа специалитета

Компьютерная безопасность

5,5 лет
Очная форма обучения
40/45/5
40 бюджетных мест
45 платных мест
5 платных мест для иностранцев
RUS
Обучение ведётся на русском языке
Бакалаврская программа

Прикладная математика

4 года
Очная форма обучения
87/40/6
87 бюджетных мест
40 платных мест
6 платных мест для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Инжиниринг в электронике

2 года
Очная форма обучения
20/5/1
20 бюджетных мест
5 платных мест
1 платное место для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Интернет вещей и киберфизические системы

2 года
Очная форма обучения
20/5/1
20 бюджетных мест
5 платных мест
1 платное место для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Компьютерные системы и сети

2 года
Очная форма обучения
50/5/2
50 бюджетных мест
5 платных мест
2 платных места для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Математические методы моделирования и компьютерные технологии

2 года
Очная форма обучения
20/5/3
20 бюджетных мест
5 платных мест
3 платных места для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Материалы. Приборы. Нанотехнологии

2 года
Очная форма обучения
20/5/1
20 бюджетных мест
5 платных мест
1 платное место для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Системы управления и обработки информации в инженерии

2 года
Очная форма обучения
25/5/1
25 бюджетных мест
5 платных мест
1 платное место для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках
Магистерская программа

Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии

2 года
Очная форма обучения
20/5/5
20 бюджетных мест
5 платных мест
5 платных мест для иностранцев
RUS/ENG
Обучение ведётся на русском и английском языках

"Вычислительные среды": доклад "Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом"

На регулярном семинаре «Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, или Вычислительные среды» 20 ноября 2019 года доцент МИЭМ Владимир Щур представил своего коллегу из Сколтеха Дмитрия Иванкова. Иванков закончил МФТИ, после чего работал в европейских научных центрах и недавно вернулся в Россию. Тема его доклада «Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом».

Известно, что молекулы ДНК хранят биологическую информацию в виде генетического кода, состоящего из последовательностей нуклеотидов. В вычислительной биологии представляются как слова над алфавитом из 4х букв: A (аденин), T (тимин), C (цитозин), G (гуанин). Генотип – это совокупность всей генетической информации, то есть набор всех генов. Каждому генотипу соответствует свой фенотип – совокупность индивидуальных признаков организма (цвет глаз, рост и т.д.). Кроме того, для каждого гена можно определить его приспособленность (количество внуков, оставленных этим индивидом). Таким образом, эволюционный процесс можно представить как набор траекторий в многомерном дискретном пространстве генотипов, где для каждой точки-генотипа определены фенотип и приспособленность. Голубой мечтой всей эволюционной биологии является способность предсказывать фенотип и приспособленность по генотипу. 

В процессе эволюции, помимо того, что генетическая информация родителей случайным образом передается потомку, происходят мутации – изменения в некоторых узлах цепочки ДНК. Эффект мутации может быть нейтральным, положительным или негативным, даже смертельным, причем этот эффект зависит от генетического контекста: для организмов с разными генотипами одна и та же мутация может иметь разные последствия. Зависимость мутации от генетического контекста называется эпистазом.  

Для изучения эпистаза исследователи случайным образом производят множество мутантных вариантов генов, которые рассеяны по малой части пространства генотипов, и измеряют для каждого генотипа фенотип и/или приспособленность. Затем в этих экспериментальных данных производится поиск таких гиперкубов, у которых для всех вершин-генотипов измерен фенотип и/или приспособленность. 

Дмитрий представил алгоритм, который эффективно находит все такие гиперкубы в экспериментальных данных. В самом большом на текущий момент экспериментальном наборе данных, состоящем из 721791 генотипов, было найдено 199847053 гиперкуба, 88% которых имеют размерность три и выше. 

Презентацию доклада можно найти на странице семинара https://www.hse.ru/ma/supmod/nis. Алгоритм программы также находится в открытом доступе по ссылке https://github.com/ivankovlab/HypercubeME.