Департамент прикладной математики создан в 2015 году на базе факультета прикладной математики и кибернетики МИЭМ. За 50-летнюю историю факультета сложились признанные научные школы по ключевым направлениям развития прикладной математики и информатики. Преподаватели и сотрудники департамента участвуют в реализации образовательных программ "Прикладная математика" (бакалавриат) и "Компьютерная безопасность" (специалитет). На базе проводимых научных исследований в области разработки систем управления и обработки информации, а также современных методов математического и компьютерного моделирования ведущими учеными департамента реализуется магистерская программа "Системный анализ и математические технологии". С 2023 года ведется подготовка по магистерской программе "Прикладные модели искусственного интеллекта", спроектированной совместно с ключевым партнером — корпорацией ВК, которая глубоко вовлечена в учебный процесс и проектную деятельность. В 2025 году состоялся первый набор на образовательную программу по разработке игр с углубленным изучением особенностей игровых движков и процесса создания игр для различных направлений "Цифровая инженерия для компьютерных игр". Партнер программы — компания «Elverils».
